Vissa delar av kyrkan kan vara från den gamla 1300-talskyrkan som låg på platsen. Det vackra S:t Martins bildskåp från 1400-talet finns i kyrkan, men kan härstamma från S:t Martins kyrka i Skänninge som tillhörde dominikanernunnorna. I Sya kyrka finns en dopfunt från den kände Mikael Hackes verkstad i Skänninge tillverkad 1658. Invid kyrkan finns en runsten och i omgivningen finns flera gravfält och stensättningar från järnåldern.